Powołanie Centrum Badań Holokaustu UJ ma służyć konsolidacji badań dotyczących Holokaustu w jednym ośrodku naukowym oraz wsparciu młodych naukowców zajmujących się tą problematyką. Zadaniem CBH UJ jest prowadzenie badań naukowych oraz zajęć dydaktycznych dotyczących Holokaustu oraz obszarów badawczych bezpośrednio z nim związanych, rozpowszechnianie wiedzy o Holokauście i innych ludobójstwach poprzez organizację konferencji, seminariów, szkół letnich, zjazdów, odczytów, wykładów, spotkań, publikację własnych wydawnictw, tworzenie elektronicznych baz danych oraz wdrażanie innowacyjnych metod nauczania i opracowywanie materiałów edukacyjnych przeciwdziałającym antysemityzmowi, rasizmowi, ksenofobii i dyskryminacji, prowadzenie dokumentacji badań nad Holokaustem w Polsce w ośrodkach akademickich oraz dokumentacji projektów edukacyjnych w sferze edukacji formalnej i nieformalnej (społeczeństwa obywatelskiego). CBH UJ zapewnia studentom i nauczycielom dostęp do istniejących w Europie, Izraelu i USA zasobów edukacyjnych dotyczących pamięci o Zagładzie, o historii i znaczeniu Auschwitz dla nas obecnie i dla przyszłych pokoleń. Jego zadaniem jest także udzielanie pomocy osobom trzecim zajmującym się popularyzacją wiedzy o Holokauście i innych ludobójstwach oraz upowszechnieniem pamięci o Holokauście, w znaczeniu rozumianym przez Milchmana i Rosenberga jako pamięci czyniącej miejsce dla różnic, pluralistycznej, perspektywicznej „wspólnoty pamięci", służącej nie zmitologizowanej przeszłości, a raczej problematyzującej teraźniejszość i nie upierającej się przy identyczności.
Centrum Badań Holokaustu UJ nie powstało w próżni. Co stanowi jednak o specyfice tej jednostki naukowej, co jest jej szczególną cechą, added value? Pośród wielu zadań jakie wyznaczyli sobie twórcy CBH UJ są przede wszystkim badania naukowe i dydaktyka. Ale oprócz wyzwań akademickich Centrum stara się rozwijać takie działania, w których rezultaty badań naukowych byłyby dostępne nie tylko wyłącznie poprzez specjalistyczne publikacje, aczkolwiek takie publikacje są realizowane i planowane w przyszłości, ale także poprzez odczyty, wykłady, panele dyskusyjne organizowane dla szerokiej publiczności, w przyjaznych miejscach w centrum Krakowa, m. in. w Żydowskim Muzeum Galicja, Synagodze Wysokiej (we współpracy z Wydawnictwem Austeria) oraz w innych instytucjach. Centrum chce być obecne w przestrzeni miasta i przyczyniać się do wzrostu obecności pamięci o Zagładzie Żydów nie tylko wśród specjalistów.
Niezwykle ważnym aspektem działalności CBH UJ jest edukacja młodzieży. Obecnie w CBH UJ oraz w Instytucie Europeistyki UJ prowadzone są kursy, których celem jest przybliżenie wiedzy o Zagładzie oraz o wszelkich jej aspektach, które są z tym tematem powiązane.